Ueber die Herkunft des Schipperke weiss man nichts Genaueres. Fachleute streiten sich noch heute, ob der Schipperke nun vom Spitz, dem Terrier oder von der belgischen Schäferhundefamilie abstammen. Die frühen belgischen Autoritäten jedoch glaubten zu wissen, dass diese Rasse vor allem in Flandern und der Provinz Antwerpen beheimatet waren. Im 15. Jahrhundert berichtet ein Mönch die ungewöhnliche Geschichte von zwei Handwerkern, die in einenStreit gerieten.
Der Streitpunkt war das handgemachte, kupferbeschlagene Halsband eines Hundes, der dem Schipperke sehr ähnlich sah. Aus Wut lockte der Unterlegene den Hund seines Rivalen ins Haus,wo er ihm die Rute abschnitt.An der folgenden Sonntagsparade wurde der schwanzlose Hund allgemein bewundert, was dazu führte, dass fortan jedem Schipperke die Rute kupiert wurde. Ausserdem ist bekannt, dass bereits 1690 die Schumacher vom Quartier in St.Géry (Brüssel) Eine Schipperke-Show abhielten. Den Handwerkern ging es hauptsächlich darum, ihre mit Kupfer verzierten Halsbänder zu präsentieren. 150 Jahre später (1830 - 1840) war der Schipperke immer noch in grosser Mode und die Halsbänder waren zu dieser Zeit noch aufwändiger angefertigt, breit und blank poliert.
Des Handwerkers ganzer Stolz war ein schönes Halsband und der Schipperke. So sah man an Sonntagen die Schumacher ausgehen, mit oder ohne Familie, aber niemals ohne Schipperke. Auch wenn er vergasss, die eigenen Stiefel zu glänzen, so doch nie das Halsband des Hundes. 1883 wurde der Schipperke im LOSH (französisches Hundestammbuch) als «Terrier» eingetragen,was wohl eher passend ist als «Spitz». Denn eine Verwandschaft zu den Terriern ist deshalb vorstellbar, weil sie auch heute noch passionierte Mäuse-und Rattenfänger sind. Diese Jagdbereitschaft kennt man von vielen Terrierarten. Auch bei den Schiffsleuten erkannte man die Vorteile des Schipperke und hielt ihn fortan auf Binnenschiffen. Daraus entstand die Bezeichnung «Schifferspitz». Im Stammbuch der königlichen Gesellschaft Sankt Hubertus ist der Schipperke bei der ersten Eintragung als kleiner Schäfer (Herdenhund) augeführt, mit dem Hinweis «zum Hüten von Schafen und Gänseherden». Vor dem ersten niedergeschriebenen Standart (1888) gab es drei verschiedene Schipperke-Typen. Sie alle kommen heute noch in den Würfen vor.
Da gibt es den «Leuvense-Typ»: Er hat ein glattes Fell mit wenig Kragen, einem länglichen Kopf und dicht beieinander stehenden Ohren. Der Typ aus Brüssel hat ein schönes Fell mit einem prächtigen Kragen, der Kopf ist kurz und breit, die Ohren sind lang und nur wenig auseinander liegend. Der «Antwerper Schipperke» steht hier zwischendrin: Er ist kompakt gebaut mit einem Guten Kragen und Hosen (an den Hinterlläufen), kurzen Haaren an Körper und Beine. Der Schipperke wird nicht nach Zentimeter, sondern nach Gewicht eingestuft und beurteilt. Anfänglich gab es drei Gewichtsklassen: 3 kg / 3-5 kg / 5-9 kg. Später dann 3 bis 4 kg / 4-5 kg / 5-9 kg. Am 15. November 1975 gab es wieder eine Veränderung, die neu zwei Gewichtsklassen regelte : 3 bis 5 kg. Und 5 bis 8 kg. Sie sind noch heute gültig.
Vor dem Ende des letzten Jahrhunderts wiesen die Schipperke nachweislich verschiedene Farben auf. Obwohl der Belgische Schipperke-Club 1888 entschied, nur noch die schwarzen Exemplare anzuerkennen, wurden in England weiterhin andersfarbige Schipperke gezüchtet. Auch in Südafrika geht man davon aus, dass 50% der Schipperke braun sind.